W długo oczekiwanym sequelu Madagaskaru - kontynuacji znakomitego przeboju kina familijnego z 2005 roku - Lew Alex , Zebra Marty, Żyrafa Melman, Hipopotamica Gloria, Król Julian Maurice, Pingwiny i Szympansy wyrzucone na odległy brzeg Madagaskaru snują nowy plan. W obliczu niesprzyjających okoliczności losu, mieszkańcy Manhattanu uknuli plan tak szalony, że może okazać się całkiem skuteczny. Z wojskową precyzją Pingwiny dokonały naprawy starego rozbitego samolotu - tak przynajmniej może się wydawać na pierwszy rzut oka. Niedługo po starcie linii lotniczych Pingwin, z dość zaskakującą załogą na pokładzie, samolot zdołał się utrzymać w powietrzu na tyle długo, żeby przenieść naszych bohaterów do najdzikszego miejsca na ziemi bezkresnych równin Afryki. W tym właśnie nieplanowanym docelowym porcie lotniczym członkowie naszej wyrosłej w cieplarnianych warunkach nowojorskiego zoo załogi natrafiają po raz pierwszy na swoich dzikich współbraci - ich własne gatunki żyjące w naturalnych warunkach. Afryka wydaje się być wymarzonym miejscem na ziemi ale czy lepszym niż ich własny dom w Central Parku?